第一兩者入學方式不同。根據(jù)中國在職研究生教育信息網(wǎng)有關老師的介紹，一般來說，以同等學力的身份報考在職博士，我們要攻讀的也就是在職博士單證教育項目，在入學的時候，一些招生院校不設置考試，在最后畢業(yè)的時候，我們可以獲取的是博士學位證，學歷不變。選擇報考雙證在職博士的話，參加入學考試，通過之后，才有入校學習的資格，但相應的最后的收獲更大一些，可以獲得在職博士雙證書。

第二兩者上課方式不同。根據(jù)中國在職研究生教育信息網(wǎng)有關老師的介紹，單證在職博士課程學習要求寬松，學習時間較短，一般是集中授課。而雙證在職博士授課時間長，要求和全日制統(tǒng)招博士生一樣，在校上課。

第三兩者學術深造費用不同。根據(jù)中國在職研究生教育信息網(wǎng)有關老師的介紹，學術深造單證在職博士時，專業(yè)多且費用低，而雙證在職博士雖然可報考熱門專業(yè)，但學費不實惠。